使用秸稈發酵栽培基質可以調節營養液的生理酸堿性，在分解過程中，產生的糖份、氨基酸等小分子有機物，可以被蔬菜根系吸收，改善蔬菜的品質；秸稈基質在使用后，可作為有機肥料施入農田，不產生環境污染。
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1、秸稈堆腐前的準備：作物秸稈可選用小麥秸、玉米秸等作物秸稈，秸稈量應大于栽培槽體積的2倍；采用秸稈復合微生物制劑堆腐發酵秸稈；牛糞4 立方米，在秸稈堆腐前一周，與秸稈腐熟菌摻混，使秸稈腐熟菌在牛糞中擴繁；尿素的用量約為秸稈量的0．5％，40 立方米秸稈需25千克的尿素。
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2、秸稈堆腐的方法：秸稈堆的底寬2米，高度1．8～2．0米，長度不限。每鋪20厘米秸稈，撒一層摻有秸稈腐熟菌的牛糞和適量的尿素，若秸稈浸潤的水不足，再噴灑適量的水，以用手緊握秸稈，指縫間有水被擠出為度。
3、此法將秸稈一直堆到1．8～2．0米的高度，建堆完成。然后覆蓋塑料膜，減少堆內水分蒸發。2～3天后，堆內溫度可達70°c以上；15天左右進行翻堆，將邊沿部位的秸稈翻入堆中間，使秸稈與牛糞進一步混勻，若秸稈干燥，可適量補充水分；翻堆后，再堆腐15天左右，秸稈半腐熟，已沒有了韌性，手握既斷，c／n比在30～40之間，即可作為無土栽培的基質使用。