1、定植前熏棚：在定植前，對設施環境消毒處理。每立方米可使用硫磺4克，進行煙霧熏蒸消毒，棚室密閉2天，后通風2天，去除異味后才能定植。
2、苗期預防：可在苗床用40%嘧霉胺可濕性粉劑1000倍液，或50%腐霉利可濕性粉劑1500倍液噴施，，選擇無病苗移栽，預防灰霉病的發生。
3、開花期預防：殘留的花瓣和柱頭，是灰霉病的主要侵染點，目前番茄普遍采用蘸花技術，增加了灰霉病的侵染點，是造成病害發生的主要原因之一。可在點花藥中加入嘧霉胺、乙霉威等殺菌劑，防止花期感染。
4、栽培措施預防：合理密植，保證植株間通風透光；使用防霧滴棚膜，減少棚膜積水；采用高畦或起壟栽培，移栽后進行地膜覆蓋，既可以降低濕度，又可以阻止土壤中病菌的傳播，可以減少灰霉病的發生蔓延。
5、溫室生態調控預防：灰霉病屬于低溫高濕病害，通過控制保護地溫、濕度，預防灰霉病的發生。一般采用“上午控溫、下午控濕”的方法來控制灰霉病的發生。
6、在晴天上午棚溫升到30度時開始放風，中午和下午繼續放風，保持棚溫濕度23度左右，降低濕度，當棚溫低于20度時關閉大棚，使夜溫保持在15度左右，陰天時把門打開通氣。